Прототип Дзюбэя Кибагами — Ягю Дзюбэй Мицуёси, историческая личность, знаменитый мастер кэндзюцу (искусство владения мечом) и ниндзюцу, создатель секретной службы О-мэцукэ и личный учитель фехтования сёгуна Токугава Иэмицу. В его биографии был период, когда в течение 12 лет он отсутствовал при дворе, занимаясь, как предполагали, неким расследованием. Заметим, эта самая секретная служба первоначально формировалась из бывших ниндзя и ронинов.

Ягю Дзюбэй — герой множества легенд и целого ряда фильмов и сериалов. Обычно он изображается несколько старше, чем главный герой «Манускрипта ниндзя», и с повязкой на глазу. Однако режиссёра фильма — Ёсиаки Кавадзири — интересовал не столько исторический Дзюбэй, сколько обобщенный образ молодого воина «без прошлого и будущего». Поэтому он намеренно пренебрег и портретным сходством, и практически всеми известными легендами о Дзюбэе.